草桥清真寺始建于清乾隆年间（1736—1794年），坐落于七家湾东首打钉巷，因位于古草桥堍而得名。太平天国时寺被毁，清同治初年（约1866年）重建。建筑风格为中国古典宫殿式建筑。据史料记载原占地面积为12700平方米。草桥寺周边为回民集中居住地，宗教活动频繁，所聘阿訇均属名师，是南京最具影响的清真寺之一。

“文革”中寺院被学校占。1985年，南京市市政府落实党的民族宗教政策，全部归还。但因大殿倒塌，其余建筑破烂不堪，损坏严重，无法再进行礼拜、主麻、会礼等宗教活动。于是，广大穆斯林就有了重建草桥清真寺的动议。

1997年，报经市市政府、民宗局同意恢复草桥清真寺。因打钉巷拓宽道路占去草桥清真寺面积约400平方米，原地要统一规划，建邺区政府提出土地置换，南移40米，东临红土桥，西至鼎新路，面积由1818平方米扩展到2488.6平方米。1998年经市人大、市文物局、规划局及专家教授论证，同意将太平路寺大殿、二殿移建于草桥寺（空出太平路寺土地筹建伊斯兰文化活动中心）。在市民宗局和有关部门及广大穆斯林的支持下，市伊协积极投入到恢复草桥寺建设中。2002年年底，市伊协投资500万元，经招投标，建设工程历时两年，于2005年3月全部竣工。现在大殿、二殿按太平路寺原貌移建及新建的综合楼、水房、宣礼塔、门楼，以崭新的面貌呈现在人们面前。

草桥清真寺兴建改变了南京80年未建清真寺的历史。这座崭新的清真寺的建成，充分体现了党的宗教信仰自由政策的正确，也是南京民族团结，社会和谐的体现。