瓦官寺始建于东晋，原为官府管理陶业之处，寺庙因而得名。

因天台宗创始人智者大师(538-597)在此常住八年，创弘禅法，瓦官寺被称为天台宗祖庭。

2003年，南京市佛教协会筹划重建瓦官寺，2003年7月经秦淮区民族宗教事务局批准设立为佛教活动场所。

瓦官寺地址：秦淮区双塘街道花露北岗12号。