洞玄观坐落于南京江宁方山（天印山），始建于东吴赤乌二年（公元239年），距今近1800年的历史，为江东最早的道教宫观。

据南朝顾野王《舆地志》记载，三国东吴时期，道教灵宝祖师葛玄仙翁首创洞玄观于方山南，并成为皇家道院，据传葛仙翁亦在此白日飞升。后至东晋，道教大学者、炼丹家、医药学家葛洪，也追寻从祖足迹，来到方山炼丹修道，终于炼出大丹，被尊称为“小仙翁”。“金丹炼成亏葛洪”一直被后人铭记，为中华医药养生学作出了重大贡献。南朝刘宋时，陆修静于方山筑崇虚馆广搜道经，开示三洞，最终完成对南天师道之改革，成为一代道教宗师。唐朝时，洞玄观已名扬海内外，被列入道教“七十二福地”之一，当时方山位列第六十八福地。宋代为避讳，而改观名崇真观。元至元二年（1336年），观遭兵燹，独存葛玄遗像。明洪武年间重建“仍如洞玄初额”，成化、万历年间均重修。明时，洞玄观属朝天宫管辖。正统十二年，曾受赐《道藏》一部。清代以后，洞玄观逐渐废弛，但至抗战之前仍有完整院落，并有专人守护，香火不绝。

2008年，经江苏省民族宗教事务局批准筹备设立，由孙敏财道长主持洞玄观恢复筹建工作。2012至2013年，邀请南京大学历史学系、文化与自然遗产研究所两次对洞玄观遗址进行发掘，出土了大量东晋、南朝时期的瓦当、器物和神像残件。2014年12月27日，在洞玄观古遗址东侧举行了隆重的开工典礼，截至目前已建成殿堂房屋近百间，占地50余亩。全观殿堂林立、建筑雄伟、庄严古朴而又充满灵气。2019年南京市道教协会成立，会址设在洞玄观内。